在二代测序(NGS)、ChIP-seq、ATAC-seq等前沿分子生物学技术中,通常需要将DNA或染色质打断成特定大小的片段。超声波DNA打断仪(也称超声波破碎仪)利用高频超声波的能量,在液体中产生空化效应,对DNA分子进行物理剪切,是获得理想片段长度的常用工具。
🔬工作原理
超声波产生:仪器内部的压电换能器将电能转换为高频机械振动,并通过变幅杆将振幅放大。
空化效应:高频振动在液体中产生无数微小的气泡,这些气泡在迅速崩溃时会产生强烈的冲击波和微射流,对周围的DNA分子造成剪切力。
温度控制:由于超声过程会产生热量,仪器通常配备循环冷却系统,以维持反应体系的温度稳定,防止DNA降解。
通过精确控制超声时间、功率和循环次数,可以将DNA片段化至所需的长度范围(如100-500bp)。
🎯主要应用场景
二代测序文库制备:将基因组DNA或染色质打断成适合测序平台要求的片段大小。
染色质免疫共沉淀(ChIP-seq):在ChIP实验后,打断交联的染色质,以便后续的免疫沉淀和测序分析。
ATAC-seq:通过超声打断染色质,结合转座酶技术,研究染色质的开放性。
其他分子生物学应用:如DNA甲基化分析、CRISPR筛选文库制备等。
💡选型与使用要点
超声功率与频率:根据样品体积和DNA片段化要求选择合适的超声功率和频率。
温控系统:确保仪器具备有效的冷却能力,以维持反应体系的温度在设定范围内。
探头与样品容器:根据样品体积选择合适的探头尺寸和样品容器,以保证超声效率和均一性。
程序设置与优化:通过预实验优化超声时间、功率和循环次数等参数,以获得理想的DNA片段分布。
